جداسازی و کلونینگ ژن اکسیدوردوکتاز از یک سویه باکتری رودوکوکوس اریتروپولیس
چکیده
سابقه و هدف: یکی از محدودیت های فرآیند پالایش و مصرف مواد نفتی مشکلات ناشی از وجود ترکیبات گوگردی در آن ها است. استفاده از سوخت های فسیلی منجر به آزادسازی so2 و به دنبال آن آلودگی محیط زیست می شود. برای حل این مشکلات، حذف میکروبی گوگرد پیشنهاد شده است. از آن جا که کارایی باکتری های سولفورزدا محدود است، توجه محققین به افزایش کارایی آن ها از طریق دست کاری های ژنتیکی معطوف شده است. انجام چنین دست کاری هایی معطوف به بررسی ژنتیک فرایند حذف گوگرد باکتری های بومی و سپس کلون کردن ژن های مؤثر در این فرایند است. در این رابطه، چند سویه باکتری در ایران جداسازی شدند و مورد بررسی قرار گرفتند. سه ژن c، b و a dsz، دارای توالی dnaی، ٤ کیلوبازی هستند که حامل ژن های سولفورزدا برای مسیر 4s می باشند، که این توالی، در باکتری تازه جدا شده رودوکوکوس fmf شناسایی و جداسازی شد و سپس در باکتری سودوموناس آئروجینوزا کلون گردید. ژن dszd تولید کننده آنزیم اکسیدوردکتاز در جهت مسیر سولفورزدایی 4s می باشد. در این طرح اقدام به شناسایی، جداسازی و کلونینگ dszd از یک سویه باکتری رودوکوکوس اریتروپولیس نموده و سپس کلون مذکور را تأیید نمودیم. مواد و روش ها: یک سویه باکتری رودوکوکوس اریتروپولیس را که دارای فعالیت سولفورزدایی است در داخل شیکر انکوباتور rpm ٢٠٠ و٣٧ درجه سانتی گراد رشد داده شد و dna ژنومی آن استخراج گردید و سپس در شرایط بهینه، pcr انجام گرفت. ژن اکسیدوردوکتاز (ژن dszd) از روی ژل آگارز استخراج و در پلاسمید ptz57r کلون و داخل میزبان α) e-coli (dh5 ترانسفورم شد. نقشه ژنی این پلاسمید نوترکیب با آنزیم های محدودکننده به دست آمد و سپس تعیین توالی و همولوژی های لازم انجام گرفت. یافته ها: با توجه به این که باکتری رودوکوکوس اریتروپولیس igts8 استاندارد، دارای سویه های مختلف می باشد و همین طور از تشابه توالی نوکلئوتیدی بین ژن اکسیدوردوکتاز باکتری رودوکوکوس اریتروپولیس igts8 استاندارد و ژن اکسیدوردوکتاز رودوکوکوس اریتروپولیس مورد آزمایش، این طور به نظر می رسد که سویه در دست بررسی می تواند شباهت ها و یا قرابت هایی با باکتری رودوکوکوس اریتروپولیس igts8 استاندارد داشته باشد. نتیجه گیری: نتیجه سکانس ژن اکسیدوردوکتاز این سویه از باکتری رودوکوکوس اریتروپولیس که تحت نام frf.seq است، نشان می دهد که تعداد نوکلئوتیدهای مربوط به ژن اکسیدوردوکتاز باکتری مورد آزمایش مساوی با تعداد نوکلئوتیدهای مربوط به باکتری رودوکوکوس اریتروپولیس igts8 استاندارد یعنی bp۵٧٩ است.