رمزینه گذاری داکسی ریبونوکلئیک اسید (barcoding dna): افقی جدید در شناسایی مولکولی قارچ های پاتوژن (مقاله مروری)

مهدی ارزنلو، mehdi arzanlou department of phytopathology, tabriz university, tabriz, iran.گروه گیاه پزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران. هاله دخانچی، haleh dokhanchi master of phytopathology and mycology, tabriz university, tabriz, iran.کارشناسی ارشد رشته بیماری شناسی گیاهی، گروه گیاه پزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران. مهدی داوری، mehdi davari department of phytopathology, university of mohaghegh ardabil, ardabil, iran.گروه گیاه پزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران. صادق خداویسی، sadegh khodaveisy medical mycology and parasitology dept., kurdistan university of medical sciences, sanandaj, iran. phd student of mycology, medical parasitology and mycology department, school of public health, tehran university of medical sciences, tehran, iran.گروه انگل شناسی و قارچ شناسی، دانشگاه علوم پزشکی کردستان، سنندج، ایران. دانشجوی دکتری تخصصی قارچ شناسی پزشکی، گروه انگل شناسی و قارچ شناسی، دانشکده بهداشت، دانشگاه علوم پزشکی تهران، تهران، ایران. حمید بدلی، hamid badali medical mycology and parasitology dept., invasive fungi research center (ifrc) & molecular and cell biology research centre, school of medicine, mazandaran university of medical sciences, sari, iran. (corresponding author) tel:+98-151-3542475گروه انگل شناسی و قارچ شناسی پزشکی، مرکز تحقیقات قارچ های مهاجم و مرکز تحقیقات بیولوژی سلولی و مولکولی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی مازندران، ساری، ایران. (مولف مسوول) تلفن ثابت:3542475-0151

چکیده

چکیده تعداد گونه های قارچی موجود حدود 5/1 میلیون عدد برآورد شده است که تا امروز کمتر از 10 درصد آنها توصیف شده اند. با پیشرفت های اخیر در زیست شناسی مولکولی و توسعه فناوری هایی مثل توالی یابی ژنی و ژنومی، کشف و شناسایی گونه های جدید در گروه های مختلف موجودات زنده به ویژه قارچ ها روند افزایشی به خود گرفته است. با توجه به ناکارآمدی روش های مبتنی بر ریخت شناسی برای شناسایی گونه های قارچی، استفاده از تکنیکهای جدید مبتنی بر داده های dna جایگاه خاصی را در شناسایی سریع و دقیق گونه های قارچی پیدا کرده است. رمزینه گذاری یا بارکد گذاری dna در مرکز ثقل راهکارهای نوین برای شناسایی قارچ ها واقع شده است و از سابقه 10 ساله در شناسایی قارچ ها و شبه قارچ ها برخوردار می باشد. ناحیه فاصله انداز بین ژنی اپرون rna ریبوزومی (its- rdna) به عنوان یک رمزینه یا بارکد مناسب مورد توجه قرار گرفته است. کارآیی داده های توالی ناحیه its-rdna در شناسایی اغلب گروه های قارچی باعث شده است که استفاده از این ناحیه به عنوان رمزینه استاندارد در شناسایی قارچ ها مورد توافق قارچ شناسان قرار گیرد. با وجود این به نظر می رسد که ناحیهits-rdna به عنوان رمزینه اولیه برای شناسایی قارچ ها در حد جنس و یا گروه گونه ای مورد استفاده واقع شود و شناسایی دقیق در حد گونه بسته به گروه قارچی مورد مطالعه بر اساس رمزینه های ثانویه انجام شود. با عنایت به طبیعت پلئومورفیک قارچ ها استفاده از رمزینه گذاری d‏na برای شناسایی قارچ ها از درجه اهمیت بالاتری برخوردار می باشد و در این راستا تاکنون صدها هزار توالی رمزینه مرجع برای هزاران گونه از موجودات زنده از طریق پروژه های رمزینه گذاری dna ایجاد شده است و تلاش های بعدی دانشمندان در راستای مدیریت داده های رمزینه و اتوماتیزاسیون رمزینه گذاری dna جهت تسریع فرآیند شناسایی توسط کاربران نهایی خواهد بود