شناسایی آنالوگ های ژن های مقاومت به بیماری (rgas) در جمعیت f۱ درحال تفرق سیب زمینی با استفاده از تکنیک nbs profiling
چکیده
به منظور شناسایی و جداسازی آنالوگ های ژن های مقاومت (rgas) در سیب زمینی، 46 ژنوتیپ از جمعیت f1 درحال تفرق دیپلوئید rh×sh با حداکثر نوترکیبی با استفاده از تکنیک nbs profiling در آزمایشگاه ژنومیکس دانشگاه واگنینگن هلند مورد ارزیابی قرار گرفتند. با استفاده از پنج آغازگر دژنره طراحی شده براساس موتیف های حفاظت شده دامنه nbs، در مجموع 187 نشانگر چندشکل تولید شد که در ارتباط با نقشه aflp جمعیت متشکل از 10000 نشانگر مکان یابی شدند. پس از توالی یابی تعدادی از نشانگرها و همردیف کردن آنها، 68 نشانگر با ژن های مقاومت شناخته شده یا پروتئین های مقاومت به بیماری گروه tir-nbs-lrr همولوژی نشان دادند. هفت تا از این rgaها جایگاه ژنی و توالی مشابه با ژن های مقاومت شناسایی شده در سیب زمینی یا گوجه-فرنگی داشتند. سی و هفت rga توالی یابی شده در نواحی کروموزومی مشابه با ژن های مقاومت شناسایی شده یا rgaها در گوجه-فرنگی یا سیب زمینی مکان یابی شدند بدون اینکه با این ژن های مقاومت یا rgaها از نظر توالی دارای همولوژی باشند و بقیه rgaها نیز در جایگاه هایی مکان یابی شدند که تاکنون در آنها rga گزارش نشده است. اکثر این rga ها در خوشه ها یا زیرخوشه-های جدید یا موجود در نقشه قرار گرفتند. در بررسی رابطه فیلوژنی، توالی های rga براساس آغازگر دژنره مورداستفاده برای تکثیر تفکیک شدند. نتایج حاصل از این پژوهش می تواند در مکان یابی ژن های مقاومت منفرد و مکان های کمی مقاومت به بیماری ها مورداستفاده قرار گیرد.