پیش بینی برهمکنش بین ترکیبات موجود در بره موم زنبور عسل و بخش آنتی ژن حفاظت کننده موجود در سم سیاه زخم با استفاده از نرم افزارهای بیوانفورماتیک

المیرا محمدی، elmira mohammadi department of pharmaceutical biotechnology, school of pharmacy, isfahan university of medical sciences, isfahan, iran.گروه بیوتکنولوژی دارویی، دانشکده ی داروسازی، دانشگاه علوم پزشکی اصفهان، ایران. شاهین گوانجی، shahin gavanji young researchers and elite club, isfahan (khorasgan) branch, islamic azad university, east jey st., university blvd., isfahan, iran. tel: +98- 31- 35002549اصفهان، باشگاه پژوهشگران جوان و نخبگان، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد خوراسگان، خیابان جی شرقی، بلوار دانشگاه. تلفن: 35002549 -031 فائزه خزیمه، faezeh khozimeh dental research center, department of oral medicine, school of dentistry, isfahan university of medical sciences, isfahan, iran.مرکز تحقیقات دندانپزشکی، گروه بیماری های دهان فک و صورت، دانشکده دندانپزشکی، دانشگاه علوم پزشکی اصفهان، اصفهان، ایران. زهرا گلستان نژاد، zahra golestannejad dental research center, department of oral medicine, school of dentistry, isfahan university of medical sciences, isfahan, iran.مرکز تحقیقات دندانپزشکی، گروه بیماری های دهان فک و صورت، دانشکده دندانپزشکی، دانشگاه علوم پزشکی اصفهان، اصفهان، ایران. محمدرضا گلستان نژاد، mohammadreza golestannejad department of orthopedic, isa ben maryam hospital, school of medicine, isfahan university of medical sciences, isfahan, iran.گروه ارتوپدی، بیمارستان عیسی ابن مریم، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی اصفهان، اصفهان، ایران. مهین بخشی، mahin bakhshi department of oral and maxillofacial medicine, school of dentistry, shahid beheshti university of medical sciences, tehran, iran.گروه بیماری های دهان فک و صورت، دانشکده دندانپزشکی، دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی، تهران، ایران. هژیر یوسف شاهی

چکیده

زمینه و هدف: آنتی ژن حفاظت کننده از بخش های ساختاری در یکی در سم سیاه زخم می باشد و پس از تاثیر سم برگیرنده سلولی، نقش مهمی در بیماری زایی سم ایفا می کند. هدف از این مطالعه بررسی برهمکنش بیوانفورماتیکی آنتی ژن حفاظت کننده سیاه زخم و چهار ترکیب مهم موجود در بره موم زنبور عسل شامل کافئیک اسید، ﺑﻨﺰﯾﻞ کافئات، سینامیک اسید و کامپفرول با استفاده از نرم افزارها و وبگاه های بیوانفورماتیکی بود. روش بررسی: این پژوهش با استفاده از الگوریتم های مختلف موجود در پایگاه های بیوانفورماتیکی در سال 1393 در دانشگاه علوم پزشکی اصفهان و دانشگاه آزاد اسلامی واحد خوراسگان انجام گرفت. برهمکنش گیرنده با هر کدام از لیگاندها، با استفاده از وب سرورهای swissdock (http://www.swissdock.ch/) و bsp-slim (http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/bsp-slim/) به دست آمد. نتایج داکینگ (docking) به صورت عدد بر حسب کیلوکالری بر مول (kcal/mol) مشخص شد. یافته ها: بررسی برهمکنش ترکیبات موجود در بره موم و آنتی ژن خفاظت کننده با استفاده از سرور bsp-slim نشان داد که بیشترین برهمکنش به ترتیب مربوط به ترکیبات کافئیک اسید، ﺑﻨﺰﯾﻞ کافئات، سینامیک اسید و کامپفرول بود. نتایج مربوط به برهمکنش لیگاندهای مورد نظر و آنتی ژن حفاظت کننده با استفاده از سرور swissdock نشان داد که ترکیب کافئیک اسید، δg برابر با kcal/mol 10/9 و fullfitness برابر با kcal/mol 16/993 داشت. بررسی و تحلیل برهمکنش لیگاندها با آمینواسیدهای وآنتی ژن حفاظت کننده نشان داد که بیشترین برهمکنش در ترکیب کافئیک اسید مربوط به اسید آمینه گلوتامیک اسید 117 با انرژی برابر با kcal/mol 5429/15 بود. نتیجه گیری: گلوتامیک اسید 117 در اتصال آنتی ژن حفاظت کننده و گیرنده سلولی آن و در پی آن بیماری زایی سم تاثیر چشمگیری دارد.