شناسایی مولکولی و ارزیابی ژنتیکی ماهی شیر scomberomorus commerson بر اساس d-loop ژنوم میتوکندریایی در خلیج فارس، دریای عمان و دریای عرب با استفاده از تکنیک high resolution melting real time pcr
چکیده
ماهی شیر(scomberomorus commerson) از خانواده تون ماهیان (scomberidae) بوده و ازنظر اقتصادی و اکولوژیکی دارای اهمیت زیادی می باشد. در این بررسی شناسایی مولکولی و تمایز ژنتیکی این ماهی بر اساس منطقه d-loop ژنوم میتوکندریایی با استفاده از تکنیک hrm-real time pcr صورت پذیرفته است. برای این کار، باله پشتی 100 نمونه ماهی شیراز 4 منطقه بوشهر، دوحه، جاسک و کراچی تهیه و پس از استخراج ژنوم آن ها با انجام واکنش hrm-real time pcr با استفاده از رنگ syto 9، گروه بندی صورت پذیرفت. سرگروه ها برای آب های بوشهر در 8 گروه، دوحه 6 گروه، جاسک 9 گروه و کراچی 6 گروه دسته بندی شدند و درنهایت پس از بررسی نمونه ها، در واکنش نهایی hrm-real time pcr، 20 گروه حاصل شد. نمونه های منتخب با انجام مجدد واکنش زنجیره ای پلیمر از برای تعیین توالی ارسال شدند. نتایج به دست آمده از تعیین توالی با توالی های موجود در بانک ژنی ncbi مقایسه شده و جنس و گونه ماهی شیر s. commerson شناسایی شد. سپس با رسم درخت فیلوژنی توسط توالی های به دست آمده و مشاهده تمایز ژنتیکی، مشخص شد که این تکنیک می تواند به عنوان یک تکنیک مؤثر در تفکیک و گروه بندی نمونه ها برای بررسی های جمعیتی و سرعت بخشیدن به روند تحقیق مورداستفاده قرار گیرد.