تجزیه بیوانفورماتیکی estهای جداسازی شده از گیاه aeluropus littoralis تحت تنش شوری

امین ابراهیمی، amin ebrahimi , university college of agriculture and natural resources, university of tehran, karaj, iran.پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران رضا معالی امیری، reza maali amiri , university college of agriculture and natural resources, university of tehran, karaj, iran.پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران قربانعلی نعمت زاده، gorban ali nematzadeh sari university of agriculture science and natural resources, genetics and agricultural biotechnology institute of tabarestan (gabit), sari, iran.دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، پژوهشکده ژنتیک و زیست فناوری کشاورزی طبرستان، ساری هوشنگ علیزاده، hoshang alizade , university college of agriculture and natural resources, university of tehran, karaj, iran.پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران

چکیده

کاربرد بیوتکنولوژی در اصلاح گیاهان زراعی نیاز به منابع ژنتیکی برای تحمل به شوری و پایداری عملکرد دارد. گیاه آلوروپوس لیتورالیس (aeluropus littoralis) مدل مناسبی برای پژوهش های ژنتیکی و درک مولکولی ساز و کارهای تحمل به شوری در تک لپه ای ها است. به خصوص این که درصد بالای همولوژی با ژن های برنج دارد. در این بررسی 150 est که تحت تنش شوری از گیاه آلوروپوس لیتورالیس جداسازی شده بود را از بانک های اطلاعاتی دریافت و بعد از حذف توالی های تکراری، عملکرد احتمالی و شباهت آن ها با داده های موجود در بانک داده ها بررسی شد. نتایج نشان داد که 71 est با توالی های پروتئینی موجود در بانک داده ها شباهت داشت و عملکرد آن ها نیز مشخص شد درحالی که 14 est با داده های موجود در بانک داده ها شباهت داشت اما عملکرد آن ها در بانک داده ها مشخص نبود و همچنین 7 est نیز با هیچکدام از پروتئین های موجود در بانک داده ها شباهت نداشته و عملکرد آن ها ناشناخته باقی ماند. نتایج هم ردیفی estهای بررسی شده از نظر عملکردی نشان داد که estهای ایزوله شده، در 19 گروه مختلف قرارگرفتند. 16 est در انتقال مواد (از گروه ژن های ترانسپورتر) در گیاه فعالیت داشته، 13 estها در گروه پروتئین های ریبوزومی بوده که در ساختار ریبوزوم و عمل ترجمه دخالت دارند. سایر estها نیز در فعالیت هایی از قبیل تنظیم فعالیت کانال های سلولی، ویرایش آر.ان.اِ و تقسیم سلولی دخیل هستند. در مجموع نتایج پژوهش نشان داد که با توجه به درصد بالای همولوژی آلوروپوس لیتورالیس با ژن های برنج در مقایسه با سایر گیاهان، مهندسی ژنتیک در این گیاه می تواند به تعیین تفاوت تحمل به شوری بین گیاهان گلایکوفیت و هالوفیت کمک کند.