مقاله

مدل ساز ی به روش شبیه سازی دینامیک مولکولی مونومر aβ (۱-۴۲) و aβ (۱-۴۰) ، به منظور مقایسه نقش آن ها در ایجاد بیماری آلزایمر

سکینه منصوری، sakineh mansouri central tehran branch, islamic azad university, tehran, iranگروه شیمی دانشکده علوم پایه، دانشگاه آزاد اسلامی واحد تهران مرکزی لیلا حبیبی فیضی، laila habibi fazi young researcher, central tehran branch, islamic azad university, tehran, iranگروه شیمی دانشکده علوم پایه، دانشگاه آزاد اسلامی واحد تهران مرکزی زرین مینوچهر، zarrin minuchehr department of bioinformatics, national institute of genetic engineering and biotechnology tehran, iran, nigeb2. دپارتمان بیوانفوماتیک، پژوهشکده ملی مهندسی ژنتیک و بیوتکنولوژی

چکیده

سابقه و هدف: مطالعه­ های آسیب شناختی، تشکیل پلاک های فیبری و توده های تجمع یافته پپتید آمیلوئید بتا (aβ) را یکی از دلایل بیماری آلزایمر پیشنهاد کرده اند. از آن­جا که این بیماری وابسته به ساختار فضایی پروتئین است در این مقاله به روش شبیه­ سازی دینامیک مولکولی مراحل آغازین تغییرهای کنفورماسیون دو مونومر از aβ، aβ (1-42) و aβ (1-40) مورد بررسی قرار می­گیرد. مواد و روش­ ها: ساختار nmr دو پپتید aβ (1-40) و aβ (1-42) با کد 1iyt و 1ba4 از بانک اطلاعات پروتئین گرفته شده است. مونومرها در دمای k ۳۱۰ در فشار ثابت ۱ بار در بازه زمانی ۲۰ نانو ثانیه با استفاده از نرم افزار گرومکس شبیه­ سازی شدند. یافته­ ها: جذر میانگین مربع انحراف­ های rmsd، تغییرهای شعاع ژیراسیون و سطح قابل دسترس حلال نشان می­ دهند که تغییرهای ساختاری و سستی مونومر aβ (1-42) و استعداد آن در تجمع بیش­تر از مونومر aβ (1-40) است. نتیجه ­گیری: مقایسه سطح قابل دسترس حلال نشان می­دهد هیدروفوبیسیتی نقش مهمی در ایجاد کانفورماسیون معیوب مونومر aβ (1-42) دارد. سایر خواص از جمله سستی ساختاری نیز aβ (1-42) را مستعد تجمع و ایجاد بیماری آلزایمر نشان می دهند.

اسناد مشابه