مطالعه برهم کنش های نانو موتورهای عملکردی و پروتئین پیش ساز آمیلوئید بتا به عنوان استراتژی نوین ضد آلزایمر توسط مدل سازی و شبیه سازی رایانه ای
چکیده
مقدمه: در این تحقیق عملکرد 3 نانوموتور بر روی 15 پپتید ترانس ممبرن پروتئین پیش ساز آمیلوئید بتا از طریق شبیه سازی دینامیک مولکولی انجام گرفت. روش: در این مطالعه 14 نوع موتانت و 1 نوع نرمال پپتید ترانس ممبرن پروتئین پیش ساز آمیلوئید بتا از پایگاه داده ncbi به دست آمده و سپس شبیه سازی با استفاده از نرم افزارdesigner ascalaph انجام شد. 15 پپتید با ساختار های 3 بعدی پایدار سنتز شده، برای ورود به مرحله شبیه سازی انتخاب و سپس با استفاده از نرم افزار hyperchem، به مدت 30.000 پیکو ثانیه پپتیدها در مجاورت نانوموتور های بیست الکله، هایپرسینی و رتینولی سنتز شده قرار داده شدند. سرانجام 4 پارامتر؛ انرژی آزاد، انرژی بین مولکولی، پتانسیل و مجذور مربع اختلاف مقادیر، از نرم افزار استخراج و نسبت تغییرات آن ها محاسبه گردید. نتایج: هر نانوموتوری نسبت به پپتیدهای متفاوت دارای عملکردی متفاوت است. نانوموتور هایپرسینی بر پپتید 5، نانوموتور رتینولی بر پپتید 10 و نانوموتور بیست الکل نیز تا حدودی بر روی پپتید 4 بهترین عملکرد را داشتند. اما چون هر نانوموتوری تنها بر روی پپتید موتانتی خاص تأثیرگذار است و آلزایمر ناشی از موتاسیون های مختلف می باشد، نمی توان برای درمان آلزایمر تنها از یک نوع نانوموتور بهره برد. نتیجه گیری: می توان نتیجه گرفت که در تحقیقات درمانی آلزایمر با در نظر گرفتن ساختار سه بعدی و پارامتر های دینامیکی، نانوموتور رتینولی بر روی پپتید موتانت ترانس ممبرن بسیار ایده آل بوده و می تواند راهکار درمانی مناسبی باشد.