مدلسازی مقایسهای ساختار سه بعدی سوپراکسید دیسموتاز منگنز-آهن باکتری ژئوباکتر سویه m۲۱ (یک باکتری کاهنده آهن) و ویژگیهای اتصالی آن با بیسفنول-آ، آمینوتریازول و اتیلین دیاوره
چکیده
سوپراکسیددیسومتاز نقش مهمی در دفاع آنتیاکسیدانی داشته و آنزیم مهمی در شبکه انتقال الکترون باکتریایهای تنفس کننده آهن مانند خانواده ژئوباکتریاسه دارد. با توجه به نقش مهم باکتریهای تنفس کننده آهن در بیوتکنولوژی محیط زیست به ویژه در پالایش و تجزیه زیستی، درک مکانیسم مهار یا تحریک سوپراکسید دیسموتاز توسط عامل مهارگر یا محرک، به درک کاربردهای بیوتکنولوژیک آنزیم و چگونگی ارتقای کاربردها کمک خواهد کرد. پیش از این، بیسفنول-آ و آمینوتریازول به ترتیب به عنوان مهارگر و مهارگر احتمالی سوپراکسید دیسموتاز گزارش شدهاند، و اتیلن دی-اوره به عنوان یک القاگر احتمالی سوپراکسید دییسموتاز در گیاهان گزارش شده است. در این پژوهش، مکانیسم میان کنش بین بیسفنول-آ، آمینوتریازول و اتیلن دی-اوره با سوپراکسید دیسموتاز geobacter sp. m21 بررسی شده است. ساختار سه بعدی پروتئین توسط سرورهای swissmodel، ps2، m4t و itasser پیشبینی شده و ساختار نهایی توسط نرمافزار modeler-v.9.13 ساخته شد. محل اتصال کوفاکتور (fe ii) با نرمافزار autodock vina و سرور coach پیشبینی شد. نرمافزار molegro virtual docker برای تعیین محل جایگاه فعال، الگوهای moldock و plants scoring function برای فرآیند داکینگ و همچنین، نرمافزارهای ligandscout و molegro برای بررسی میانکنشهای میان لیگاند و پروتئین استفاده شد. نتایج نشان داد که همه لیگاندها در چند محل متفاوت و از طریق پیوندهای هیدروژنی، هیدروفوبیک و الکترواستاتیک با پروتئین میانکنش دارند. درک آثار واقعی لیگاندها نیازمند آزمایشهای عملی در آزمایشگاه یا محل آلودگی دارد. اگر چه، اگر مشخص شود بیسفنول-آ یا آمینوتریازول آثار مهارکنندگی دارند، پیامد این اثر، کاهش بازده زیستپالایی فلزات سنگین و سایر آلایندهها خواهد بود، در حالی که اتیلن دی- اوره ممکن است سبب افزایش بازده این فرآیند شود.