بررسی سطح بیان ژن های عامل سرطان لمفوما به کمک ارائه مدل دسته بند تقریبی فازی
چکیده
زمینه و هدف: سرطان یکی از دلایل عمده مرگ و میر در دنیای امروز است و به عنوان یکی از مهم ترین مشکلات سلامت جوامع محسوب می شود. اکثر روش های پیشنهادی جهت دسته بندی سرطان به کمک داده های بیان ژن مانند یک جعبه سیاه عمل کرده و قابلیت تفسیرپذیری زیستی ندارند. این مطالعه با هدف معرفی روشی بهینه با قابلیت تفسیر داده های بیان ژن انجام شد. روش بررسی: در این مطالعه، روش ترکیبی پالایشی - پوششی برای انتخاب ویژگی زیرمجموعه ای از ژن های مؤثر در سرطان مورد استفاده قرار گرفت که این عمل باعث کاهش چشمگیر تعداد نمونه ها در مقایسه با تعداد ژن ها شد. همچنین در این مطالعه با ترکیب روش های خوشه بندی فازی، مجموعه های تقریبی و اعتبارسنجی k- دسته ای؛ به گسسته سازی داده ها، تولید و کاهش قوانین و ارزیابی نتایج پرداخته شد. براین اساس، روش جدیدی با قابلیت تفسیرپذیری زیستی و استخراج معانی از داده های بیان ژن معرفی گردید که این روش fuzzy rough set classification نامیده شد. یافته ها: با استفاده از روش پالایشی – پوششی انتخاب ویژگی در ریزآرایه لمفوما، از میان 4029 ژن، 6 ژن انتخاب شد. در روش دسته بندی تقریبی فازی جهت تولید یک مدل دسته بند با قابلیت تفسیر داده های بیان ژن، دو قانون تولید شده است. نتیجه گیری: در این روش با استفاده از توابع رتبه بندی، مهم ترین قوانین فازی انتخاب شد که علاوه بر قابلیت تولید یک مدل دسته بند کارآمد، قابلیت تفسیر داده های بیان ژن را ممکن می سازد. یکی دیگر از ویژگی های برجسته این روش، حل موفقیت آمیز مسئله عدم تناسب میان تعداد نمونه ها و ژن ها در ریزآرایه ها به روش پیشنهادی پالایشی - پوششی انتخاب ویژگی بوده است.