طراحی روش nested-pcr sequencing برای تعیین تغییرات ژنتیکی ناحیه غیر کد شونده کنترلی پولیوماویروس bk در بیماران گیرنده پیوند کلیه
امیر امامی، a emami department of microbiology, science and research branch, islamic azad university, fars, iranگروه میکروبیولوژی، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد علوم و تحقیقات فارس، شیراز، ایران رامین یعقوبی، r yaghobi shiraz transplant research center, shiraz university of medical sciences, shiraz, iranمرکز تحقیقات پیوند اعضاء، دانشگاه علوم پزشکی شیراز، شیراز، ایران، آفاق معطری، a moattari department of bacteriology and virology, shiraz university of medical sciences, shiraz, iranگروه باکتری و ویروس شناسی، دانشگاه علوم پزشکی شیراز، شیراز، ایران مجید باصری صالحی، m baseri salehi department of microbiology, kazeroon branch, islamic azad university, kazeroon, iran,گروه میکروبیولوژی، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد کازرون، فارس، ایران، جمشید روزبه، j roozbeh shiraz nephrology urology research center, shiraz university of medical sciences, shiraz, iranمرکز تحقیقات کلیه شیراز، دانشگاه علوم پزشکی شیراز، شیراز، ایران
چکیده
زمینه و هدف: پولیوماویروس bk یک عفونت فراگیر باشیوع بیش از 80%در دنیا میباشد. یکی از دلائل اهمیت پولیوماویروس bk ، بروز آسیبهای کلیوی و رد پیوند در بیماران گیرنده پیوند کلیه می باشد. ناحیه غیرکدشونده کنترلی ژنوم پولیوماویروس نقش تنظیمی در بیان ژنها و تکثیر این ویروس دارد، این مطالعه با هدف راه اندازی روشی مولکولی حساس و دقیق بمنظور بررسی الگوی ژنتیکی این ناحیه در بیماران انجام گرفت. روش بررسی: در این مطالعه، تعداد 129 نمونه ادرار از بیماران گیرنده پیوند کلیه جمع آوری گردید. سپس باطراحی و راه اندازی روش ترکیبی pcr آشیانه ای و ترادف یابی (nested-pcr sequencing) برای اولین بار تغییرات احتمالی ایجاد شده در ناحیه غیر کد کننده کنترلی ژنوم پولیوماویروس bk در نمونه های فوق بررسی گردید. یافته ها: نمونه های مورد مطالعه از (9/58%) 76 بیمار مرد و (1/41%) 53 بیمار زن جمع آوری گردیدند. میانگین سنین افراد 89/0±0/38 بود. به طور کلی (6/56%) 73 نمونه از نظر حضور پولیوماویروس bk مثبت ارزیابی گردیدند. با بررسی توالی ژنومی، تغییرات ایجاد شده در ناحیه غیر کد کننده کنترلی ژنوم پولیوماویروس bk در نمونه های مثبت تعیین گردید. نتیجه گیری: بررسی ناحیه غیر کد شونده کنترلی ژنوم پولیوما ویروس bk در نمونه های ادرار بیماران گیرنده پیوند کلیه نشان داد که ژنوتیپ های بازآرایی شده شایع ترین ژنوتیپها در این بیماران می باشند. بررسی این توالی نشان داد که این بازآرایی ها دارای الگوی مشخص و متفاوت از سویه استاندارد آرکی تایپ می باشند.
Background & aim: Polyomaviruses (BK) is a comprehensive infection with more than of 80% prevalence in the world. One of the most important reasons of BK virus nephropathy is in the renal transplant recipients and rejection of transplanted tissue between them. Non Coding region o