درجه بندی اسیدهای آمینه از نقطه نظر میزان آب گریزی آنها
چکیده
چکیده مقدمه : آب گریزی ملکول ها عامل محرّک بسیاری از آثار و پدیده ها در سیستم های بیولوژیکی است. تاکنون تعداد زیادی درجه بندی آب گریزی برای اسیدهای آمینه پیشنهاد شده است. از این درجه بندی ها برای پیش بینی توپولژی پروتئین ها استفاده می شود. هدف : در کار حاضر با توجه به بعضی ملاحظات نظری درجه بندی جدیدی برای آب گریزی اسیدهای آمینه ساخته می شود مواد و روش ها: با این فرض که آب گریزی اسیدهای آمینه به عنوان جزئی از یک زنجیره ی پلی پپتیدی بستگی به سطح جانبی ملکول و محتوای الکترونگاتیویته ی آن دارد، رابطه ای که آب گریزی را به سطح جانبی ملکول اسید آمینه و تعداد اتم های اکسیژن و نیتروژن والکترونگاتیویته ی اکسیژن و نیتروژن در ملکول اسید آمینه مربوط می سازد پیشنهاد شد و از روی آن اسیدهای آمینه از نقطه نظر آب گریزی درجه بندی شدند. به وسیله این درجه بندی با استفاده از روش متوسط گیری با پنجره ی لغزنده، منحنی آب گریزی گیرنده mel1a ملاتونین انسان و پروتئین پرایون (عامل جنون گاوی ) رسم شد. به کمک این منحنی ها ساختمان داخل غشایی گیرنده mel1a ملاتونین و هسته ی آب گریز پروتئین پرایون معلوم و با نتایج موجود در مراجع مقایسه شد. نتایج : درجه بندی پیشنهاد شده در این کار با درجه بندی پیشنهاد شده توسط engelman و همکارانش مطابقت دارد. ساختمان پیش بینی شده در این مقاله برای قسمت داخل غشایی گیرنده mel1a ملاتونین انسان و هسته ی آب گریز پروتئین پرایون با آنچه در منابع مربوط است مطابقت بسیار دارد. نتیجه گیری : از درجه بندی پیشنهاد شده می توان برای پیش بینی توپوگرافی پروتئین های غشایی و پروتئین های توده ای شکل استفاده کرد.