تجزیه ترانسکریپتوم کلاله زعفران زراعی (crocus sativus l.) با استفاده از نرم افزارهای soapdenovo و trinity
چکیده
زعفران (crocus sativus l.)، ارزشمندترین و محبوبترین ادویه جهانی، گونهای تریپلوئید از خانواده iridaceae میباشد. این گونه با کلالههای قرمز، بلند و معطر، از سایر گونههای این خانواده متمایز است. با پیشرفتهای سریع بوجود آمده در نسل دوم توالییابی، توالییابی rna (rnaseq.) ابزار قدرتمندتر و ارزانتری در مطالعات ترانسکریپتوم شده است. گردآوری مجدد توالیهای ترانسکریپتوم، راه حل مناسبی برای مطالعه ترانسکریپتوم موجوداتی است که توالی ژنوم آنها در دسترس نیست. توالییابی دقیق و مونتاژ قابل اعتماد در دادههای ترانسکریپتوم، برای آنالیزهای پاییندست ضروری میباشد. در این مطالعه با جداسازی و تعیین توالی ترانسکریپتوم کلاله زعفران زراعی با استفاده از نسل دوم توالییابی نتایج عملکرد تجزیه و تحلیل داده ها بوسیله دو نرم افزار پرکاربرد به نامهای soapdenovo و trinity مقایسه شد. نتایج این پژوهش نشان داد که میانگین طول توالیها و تعداد یونیژنهای بدست آمده در trinity بیشتر از soapdenovo میباشد (میانگین 689 برای trinity و 624 برای soapdenovo). نتایج مونتاژ بهتر توسط مونتاژگر مناسب وقتی به پروتئین ترجمه میشود منجر به افزایش معنیداری در تعداد رکوردهای بهدست آمده در پایگاههای اطلاعاتی میشود و تعداد بیشتر یونیژن امکان شناسایی مسیرهای بیوسنتزی متابولیتهای مهم بیشتری را فراهم میکند. یونیژنهای مونتاژ شده در trinity فاقد فاصله بوده و میانگین آن حدود دو برابر یونیژنهای مونتاژ شده بوسیله soapdenovo بود. بهطور کلی انتخاب ابزار و پارامترهای مناسب برای مونتاژ ترانسکریپتوم بدون درک کاملی از عملکرد ابزارهای مختلف و تنظیمات آنها کار مشکلی است. با مقایسه عملکرد نرم افزارهای مختلف بر روی موجودات مختلف میتوان توصیههایی در زمینه استفاده از آنها ارائه داد و نرم افزار مناسبتر را انتخاب کرد.
نویسندگان و وابستگی سازمانی
- پروانه محمودی — دانشجوی دکتری اصلاح نباتات، دانشگاه تربیت مدرس، تهران
- احمد معینی — دانشیار، گروه اصلاح نباتات و بیوتکنولوژی دانشگاه تربیت مدرس، تهران،
- سید مجتبی خیام نکویی — دانشیار، دانشکده علوم زیستی دانشگاه تربیت مدرس، تهران،
- محسن مردی — دانشیار، بخش ژنومیکس پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی. کرج
- قاسم حسینی سالکده — دانشیار، بخش ژنومیکس پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی. کرج