تعیین ترادف نوکلئوتیدی کامل ژنوم ویروس موزاییک کوتولگی ذرت (mdmv)
چکیده
ویروس موزائیک کوتولگی ذرت (maize dwarf mosaic virus, mdmv) از نظر اقتصادی در سطح جهانی یکی از مهم ترین ویروس های ذرت به شمار می آید. در ایران نیز این ویروس از اهمیت زیادی برخوردار است. هدف از انجام این تحقیق تعیین ترادف کامل ژنوم ویروس با استفاده از آغازگرهای اختصاصی طراحی شده و مقایسه آن با سایر ترادف های پوتی ویروسهای گرامینه موجود در بانک ژن بود. پس از انجام rt-pcr قطعات بدست آمده همسانه سازی و تعیین ترادف شدند. پس از تجمیع قطعات حاصل از تعیین ترادف، قطعه ای به طول 9500 جفت باز (به جز انتهای پلی آدنین) معادل کل ژنوم به دست آمد. تجزیه و تحلیل داده ها با استفاده از نرم افزارهای بیوانفورماتیک انجام گرفت و ترادف به دست آمده به پروتئین ترجمه و جایگاه های برش پلی پروتئین تعیین شد. آنالیزهای فیلوژنتیکی بر اساس ترادف نوکلئوتیدی و آمینواسیدی ژنوم کامل و هر یک از ژن ها بین جدایه ایران و سایر پوتی ویروس های گرامینه به طور جداگانه نشان داد که جدایه mdmv ایران بیشترین شباهت را به جدایه بلغارستان و از میان سایر پوتی ویروس های غلات بیشترین شباهت را به ویروس موزاییک سورگوم از تگزاس و چین دارد. ترادف بدست آمده با 20 پوتی ویروس غلات که ترادف کامل آنها در دسترس بود شباهت 54 تا 5/70 درصد در سطح آمینو اسیدی داشت. بر اساس ترادف نوکلئوتیدی ژن پروتئین پوششی جدایه های mdmv در دو گروه مجزا از هم قرار گرفتند. از نتایج این تحقیق می توان در تحقیقات آینده در کارهای به نژادی و انتخاب ارقام مقاوم استفاده نمود، ضمن اینکه تعیین ترادف نوکلئوتیدی کامل ویروس برای درک بیولوژی، تنوع و تاریخ تکامل mdmv و نیز برای کشف استراتژی های جدید کنترلی و ارزیابی خطرات آن کاربرد دارد.