بررسی تنوع ژنتیکی در سویه های اشریشیا کلی انسان و دام (گوساله) با استفاده از روش rapd pcr در استان خراسان رضوی
چکیده
چکیده بررسی تنوع ژنتیکی در سویه های اشریشیا کلی انسان و دام (گوساله) در استان خراسان رضوی rapd pcr با استفاده از روش به کوشش اسماء افشاری در این مطالعه در مجموع 110 سویه اشریشیا کلی از منابع مختلف مورد استفاده قرار گرفت از جمله : تعداد 40 سویه اشریشیا کلی جدا شده از مدفوع گوساله های مبتلا به اسهال (موجود در کلکسیون باکتری های بخش میکروبیولوژی دانشکده دامپزشکی فردوسی مشهد)، جداسازی و تشخیص این سویه ها تحت عنوان اشریشیا کلی انجام گردیده بود و در محیط کشت مایع مغذی حاوی15% گلیسرول و در 20- درجه سانتی گراد حفظ گردید.40 سویه از ادرار افراد مبتلا به عفونت ادراری جداسازی گردید.40 سویه اشریشیا کلی جدا شده از ادرار افراد مبتلا به عفونت ادراری و 30 سویه اشریشیا کلی جدا شده از گوساله های تلف شده به علت سپتی سمی جداسازی گردید و بعد از تایید سویه ها به عنوان اشریشیا کلی با روشهای باکتریولوژیکی وبیوشیمیایی ، استخراج dna از سویه ها با استفاده از کیت تجاری شرکت bioneer کره جنوبی صورت گرفت. در این بررسی تایپینگ مولکولی سویه های اشریشیا کلی با روش rapd-pcr با هدف بررسی ساختار ژنتیکی سویه های اشریشیا کلی با منشا مختلف و بررسی درجه پلئومورفیسم در بین سویه های مختلف در عفونتهای دستگاه گوارش و عفونتهای خارج ازدستگاه گوارش، انجام گرفت. به این منظور از دوپرایمرمختلف با اندازه 10 جفت باز با سکانسهای نوکلئوتیدی اختیاری (gtggccgatg) و (cctgggtcag) بطورجداگانه برای هرسویه درروش rapd-pcr مورد استفاده قرارگرفت. نهایتا محصول pcr هرسویه با روش الکتروفورز روی ژل آگارز 5/1% حاوی اتیدیوم بروماید مورد بررسی قرارگرفت. آنالیز تصاویر ژل با استفاده از نرم افزار photocap انجام گردید. سپس برای رسم نمودار مربوط به هر منشا به صورت جداگانه اطلاعات مربوط به وجود و یا عدم وجود باندی مشخص با صفر و یک در بخش data entery در نرم افزار spss version 16 وارد گردید. واکنشهای تکثیری با کمک دو پرایمرصورت گرفت. نتایج به دست آمده نشان دهنده وجود حدود 35 باند پلیومورف در سویه های اشریشیا کلی سه منشا بود که از bp3000-350 متغییر بودند. در تمامی سویه ها، الگوی باندهای حاصل از واکنش rapd قابلیت تکرار در واکنش های سری دوم را داشت. در مجموع 150 باند در نتیجه استفاده از 2پرایمر rapd ازسویه های اشریشیا کلی با منابع مختلف بدست آمد. همچنین باند های bp650 وbp1000 در اکثرسویه های جدا شده از گوساله های مبتلا به اسهال، باند bp900 در اکثر سویه های جدا شده از نمونه های انسانی و باند bp2300 در اکثر گوساله های تلف شده به موجب سپتی سمی وجود داشت. نتایج بدست آمده از این تحقیق نشان دهنده پتانسیل بالای انگشت نگاری به روشrapd جهت تمایز سویه های اشریشیا کلی از منابع مختلف می باشد و این اطلاعات در تشخیص اکولوژی، مطالعات اپیدمیولوژیکی و طبقه بندی سویه ها مفید خواهد بود.