پایان‌نامه

تحلیل خوشه بندی برای داده بیان ژن با استفاده از تجزیه ماتریس نامنفی

فاطمه السادات فاطمیون

دانلود متن کاملرایگان، با حساب کاربری؛ ثبت نام با گوگل چند ثانیه است

چکیده

امروزه حجم عظیمی از مطالعات پزشکی در جهت شناسایی و درمان بیماری هایی است که از طریق ژن منتقل می شود. برای بررسی و نگهداری اطلاعات ژنتیکی، فناوری های مفیدی به وجود آمده است که یکی از ‎‎‎آن ها‏، فناوری ریزآرایه می باشد. تجزیه و تحلیل اطلاعات به دست آمده از ریزآرایه ها به کمک روش های داده کاوی انجام می شود. یکی از این روش ها خوشه بندی است که می تواند در یافتن گروه های واقعی و نهفته در داده ها موثر باشد. همچنین با استفاده از روش های کاهش بعد می توان مجموعه داده هایی با حجم کوچک تر از مجموعه داده های اصلی تولید کرد و آن را به عنوان ورودی روش خوشه بندی به کار برد. در این رساله از تجزیه ی ماتریس نامنفی‎‎‎‎ (nmf)‎ ‎‎ برای کاهش بعد داده های ریزآرایه استفاده می شود. همچنین برای مقداردهی اولیه این تجزیه روش های تصادفی‏، تحلیل مولفه اصلی ‎(‎pca)‎‎ و تجزیه ی مقدار تکین مضاعف نامنفی ‎(‎nndsvd)‎‎ به کار می رود. پس از آن با ‎‎‎به کارگیری روش ‎$ ‎k‎ $‎-متوسط داده های کاهش یافته‏ خوشه بندی می گردد. تحلیل های انجام شده در این تحقیق نشان می دهد که ‎خوشه بندی داده های حاصل از nmf+pca نتایج بهتری را ارائه می دهد‎.

اساتید راهنما و مشاور

سید ابوالفضل شاهزاده فاضلی، مهدیه هاشمی نژاد

شکل‌ها (۱)

  • شکل، صفحه‌ی ۲
    صفحه‌ی ۲

شکل‌ها از متن کامل مقاله برداشته شده‌اند و حقوقشان از آنِ نویسندگان و ناشر است.

پایان‌نامه‌های مشابه

اسناد مشابه

  • خوشه بندی داده های بیان ژنی و کاربرد آن در تحلیل افتراق انواع سرطان خون

    مقالهکومشمحسن واحدی، m. vahedi research center for gastroenterology and liver diseases, shaheed beheshti medical university, tehran, iran.دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی، مرکز تحقیقات بیماری های گوارش و کبد حمید علوی مجد، h. alavi majd shaheed beheshti medical university, tehran, iran.دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی، دانشکده پیرایزشکی یدا... محرابی، y. mehrabi shaheed beheshti medical university, tehran, iran.دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی، دانشکده بهداشت بهار نقوی

    سابقه و هدف: یکی از شاخه های مهم بیوانفورماتیک فناوری ریزآرایه dna است که امکان بررسی بیان هزاران ژن را به طور هم زمان در حداقل زمان ممکن می سازد که در سال های اخیر موجب تولید حجم انبوهی از داده های بیان ژنی شده است. تحلیل آماری این داده ها شامل نرمال سازی، خوشه بندی، طبقه بندی و

  • خوشه بندی داده های بیان ژنی توسط عدم تشابه جنگل تصادفی

    مقالهمجله علوم پزشکی رازیزهره فرهادی، کارشناس ارشد آمار، دانشگاه شاهرود، شاهرود، ایران داود شاهسونی، عضو هیات علمی گروه آمار، دانشگاه شاهرود، شاهرود، ایران

    زمینه و هدف: خوشه بندی داده های بیان ژنی در تشخیص و درمان سرطان، دارای اهمیت بسزایی است. مشخصه ی بارز این داده ها تعداد زیاد متغیرها (ژن ها) نسبت به تعداد داده ها (بیماران) است. بسیاری از روش های خوشه بندی بر پایه ی عدم تشابه داده ها که حاصل محاسبه ی یک تابع فاصله است‏، بنا شده ا

  • تعیین توصیفگرهای بهینه در خوشه بندی داده های لیدار با استفاده از الگوریتم ژنتیک

    مقالهمهندسی نقشه برداری و اطلاعات مکانیحیدر راستی ویس، h. rastiveis school of surveying and geospatial engineering,college of engineering, university of tehran,خ کارگر شمالی-پردیس دانشکده های فنی- دانشکده نقشه برداری گروه فتوگرامتری فرهاد صمدزادگان، f. samadzadegan school of surveying and geospatial engineering,college of engineering, university of tehran,خ کارگر شمالی-پردیس دانشکده های فنی- دانشکده نقشه برداری گروه فتوگرامتری

    در سال­های اخیر، تکنولوژی لیدار به عنوان یک تکنولوژی کارآمد در کسب اطلاعات سه­بعدی از زمین شناخته شده و هر روز بیش از پیش مورد توجه مهندسین و متخصصان مهندسی ژئوماتیک قرار می­گیرد. استخراج عوارض از داده­های لیدار به عنوان یکی از مسائل مهم در پردازش این اطلاعات به شمار می­آید. یکی

  • تحلیل خوشه بندی فازی داده های ترکیبی و مقایسه آن با دندروگرام اکتشافی داده های ترکیبی ژئوشیمی رسوبات آبراهه ای منطقه انار

    مقالهروش های تحلیلی و عددی در مهندسی معدنحمید معینی، دانشکده مهندسی معدن-دانشگاه یزد فرهاد محمدتراب، دانشکده مهندسی معدن-دانشگاه یزد مجید کیخای حسین پور، دانشکده مهندسی معدن-دانشگاه یزد

    از روش های مهم در داده کاوی نظارت نشده داده های ژئوشیمیایی، انواع روش های خوشه بندی است که چنانچه روی متغیرها انجام شوند منجر به کاهش ابعاد داده ها می شوند. در میان انواع روش های خوشه بندی، نوع فازی آن به دلیل ویژگی های خاص منطق فازی و انعطاف بیشتر در تعیین گروه های داده مشابه، د

  • استفاده از تکنیک خوشه بندی سیستم کلونی مورچگان بهبود یافته با هدف خوشه بندی داده های زلزله ایران (یادداشت فنی)

    مقاله۲۰۱۱نشریه مهندسی صنایعبهروز مینائی، محمد فتحیان، احمدرضا جعفریان مقدم، مهدی نصیری

    تکنیک خوشه بندی از مهم ترین تکنیک های داده کاوی و شاخه ای از تحلیل آماری چند متغیره بوده و روشی برای گروه بندی داده های مشابه در خوشه های یکسان است. با بزرگ تر شدن بانک های داده ای، تلاش محققان برای یافتن روش های خوشه بندی کارا و مؤثر متمرکز شده است تا از این راه بتوانند زمینه تص

  • برآورد غلظت رسوب معلق روزانه با استفاده از شبکه عصبی مصنوعی و خوشه بندی داده ها به روش نگاشت خود سازمان ده (مطالعه موردی: ایستگاه هیدرومتری سیرا - رودخانه کرج)

    مقالهپژوهشنامه مدیریت حوزه آبخیزمحمودرضا طباطبایی، کریم سلیمانی، محمود حبیب نژاد روشن، عطااله کاویان

    امروزه برآورد دقیق بار رسوب معلق رودخانه ای از جنبه های مختلف مهندسی منابع آب، مسائل زیست­محیطی و کیفیت آب از اهمیت ویژه ای برخوردار است. در این راستا، مدل های هیدرولوژیکی حوزه، به­دلیل عوامل متعدد تاثیرگذار ثابت و متغیر، کارایی مناسبی در برآورد میزان رسوب معلق از خود نشان نداده