شناسایی و بررسی تنوع ژنتیکی جدایه های باکتری scabies streptomyces عامل اسکب معمولی سیب زمینی در آذربایجان شرقی و کردستان
چکیده
بیماری اسکب معمولی سیب زمینی (common scab ( یکی از بیماریهای مهم است که به وسیله ی باکتری streptomyces scabies و سایرگونه های مشابه دیگر بر روی سیب زمینی و سایر سبزیجات غده ای(تربچه ، شلغم وغیره) ایجاد میشود. این بیماری به وسیله ی باکتری خاکزی گرم مثبت streptomyces ایجاد میشود. ایجاد علایم زخم های نکروتیک برجسته ، سطحی یا فرورفته از علایم مشخص اسکب معمولی بر روی غده های سیب زمینی است که ارزش بازارپسندی و کیفیت غده های سیب زمینی را کاهش داده و باعث خسارت اقتصادی به محصول میشود. طی سال 1389 از مناطق مختلف استانهای آذربایجان شرقی و کردستان غده های دارای علایم اسکب جمع آوری و به آزمایشگاه منتقل گردید. و براساس ویژگیهای مورفولوژیکی ، فیزیولوژیکی و تستهای بیوشیمیایی 30 جدایه استرپتومایسس جداسازی شد. همچنین واکنش زنجیره ای پلی مراز برای شناسایی ژن txta که در بیماریزایی بیشتر استرینهای گونه های s.scabies ، s.acidiscabies و s.turgidiscabies نقش اساسی ایفا میکند انجام شد. واکنش زنجیره ای پلی مرازکه برای شناسایی جنس streptomyces و گونه ی scabies انجام شد منجر به شناسایی 30 جدایه به عنوان استرپتومایسس گردید(اندازه باندbp 1027 ) و 26 جدایه نیز به عنوان گونه ی s. scabies تعیین شد. (اندازه باندbp 475) . به منظور ارزیابی دامنه تنوع ژنتیکی جدایه های s. scabies ، dna ژنومی جدایه ها استخراج ودر واکنش زنجیره ای پلی مراز با روشهای eric ، rep و box-pcr و با آغازگرهای eric 2f، eric 1r ،rep2f، rep1r و box-air به کار برده شدند. محصولهای تکثیر شده در ژل آگارز 5/1 درصد الکتروفورز و با اتیدیوم بروماید رنگ آمیزی شدند. از ضریب تشابه جاکارد (jaccard) برای تعیین تشابه جدایه ها واز روش upgma و نرم افزار ntsys نسخه 2.02 برای آنالیز خوشه ای استفاده شد. آنالیز خوشه ای نتایج بدست آمده با آغازگرهای eric 2f، eric 1r نشان داد که در سطح تشابه 75درصد،بر اساس آغازگرهای eric 2f ، eric 1r جدایه ها به 8 گروه ، با آغازگرهای ،rep2f، rep1r به 5 گروه ، و با آغازگرbox-air به 7 گروه تقسیم شدند. بدین ترتیب نتایج نشانگر وجود تنوع ژنتیکی درون جدایه های s.scabies عامل بیماری جرب معمولی سیب زمینی بود.