شبیه سازی دینامیک مولکولی تشکیل نانوساختارها توسط پپتیدهای eak16 با استفاده از مدل درشت دانه ای برهمکنش های غیرپیوندی برای اسیدهای آمینه
چکیده
پپتیدهای آمفی فیلی در حالت محلول مجموعه ی غنی ای از رفتارهای انباشتگی از خود نشان می دهند. در این پایان نامه, اثر توالی اسید آمینه ای و ph محیط (phهای بالا و پایین) در خود اجتماعی پپتیدهای eak16 به روش شبیه سازی دینامیک مولکولی درشت دانه مورد مطالعه قرار گرفته و سازوکار خود اجتماعی این پپتیدها بررسی شده است. پپتیدهای eak16 از ?? اسید آمینه در سه نوع تشکیل شده اند که این اسیدهای آمینه به صورت یک در میان خاصیت آبگریزی و آبدوستی دارند و اسیدهای آمینه ی آبدوست این پپتیدها دارای بار مثبت و منفی هستند. سه نوع از این پپتیدها,,aeaeakakaeaeakak(eak16-ii) aeakaeakaeakaeak(eak16-i) و aeaeaeaeakakakak (eak16-iv) از نظر تشکیل نانوساختارها در طی فرآیند خود اجتماعی مورد بررسی قرار گرفته است. در این شبیه سازی, سه یا چهار اتم سنگین هر اسید آمینه همراه با اتم های هیدروژن مربوطه را یک ذره درشت دانه در نظر گرفته ایم. متغیرهای مربوط به برهمکنش این ذرات با همدیگر بر اساس اطلاعات آزمایشگاهی می باشد. شبیه سازی ما نشان می دهد که در شرایط ph خنثی, پپتیدهای eak16-i اجتماعات فیبری و پپیتدهای eak16-iv ساختارهای گلبولی تشکیل می دهند. پپتیدهای eak16-ii هم ساختارهای فیبری و هم گلبولی تشکیل می دهند. در شرایط phهای بالا و پایین, هر سه نوع پپتیدهای eak16 اجتماعات فیبری تشکیل می دهند. از مقایسه شبیه سازی های تک رشته ای با شبیه سازی محلولی از این پپتیدها متوجه می شویم که برای پپتیدهای eak16-,iv برهمکنش های داخلی بین ذرات سازنده ی یک رشته اهمیت بیشتری نسبت به برهمکنش های بین رشته ها دارد ولی این مورد برای پپیتدهای eak16-i برعکس است و برهمکنش های بین رشته ای غالب است. نتایج به دست آمده در توافق خوبی با مشاهدات آزمایشگاهی است.
