بررسی کنفورماسیونی دی پپتید محافظت شده ی hco-cys-ala-nh2 با استفاده از محاسبات مکانیک کوانتومی در فاز گازی
چکیده
در این تحقیق مقادیر انرژی، زوایای دای هدرال، نوع مهاجرت ها و تاخوردگی صورت بندی های انواع lو d دی پپتید محافظت شده سیستئین – آلانین در فاز گازی با استفاده از محاسبات مکانیک کوانتومی در سطح b3lyp و سری پایه 6-31g(d)تعیین گردید.ساختار های پایدار در حالت های متفاوت از مناطق 9 گانه ی نقشه راماچاندران بدست آمده اند. بدین ترتیب که یکی از آمینواسید ها در یک منطقه ثابت نگه داشته شده و آمینواسید دیگر در مناطق مختلف نقشه راماچاندران تغییر می-یافت. زنجیر جانبی آمینواسید در سه حالت آنتی، گوچ مثبت و گوچ منفی قرار داده شده که برای هر کدام از حالت های زنجیر جانبی، 81 حالت و در مجموع برای هر کدام از آمینواسید ها، 243 حالت محاسبه شده است. نتایج محاسبات نشان می دهد که در دی پپتید محافظت شده l و d سیستئین – آلانین، فرم های پایدار به عنوان یک تاخوردگی نوع بتا یا به اصطلاح بتا ترن، در نقشه ی راماچاندران وجود ندارند.