همسانه سازی نواحی جناحین ناقل های پلاستیدی توت فرنگی (fragaria sp.)
چکیده
مهندسی ژنتیک پلاستیدی در جهت تولید فراورده های جدید در کروموپلاست توت فرنگی و بهبود کیفیت محصول، نیازمند ناقل های اختصاصی می باشد. در این فن آوری تراریختی، طراحی و ساخت ناقل اختصاصی به منظور دستکاری ژنوم پلاستیدی و تولید فراوردهای جدید به عنوان اولین گام، مورد توجه محققین واقع می گردد. اختصاصی بودن این ناقل ها به خاطر وجود توالی های مشابه با ژنوم پلاستیدی گیاه مورد هدف بوده که امکان وقوع نوترکیبی همتا بین ژنوم پلاستیدی و ناقل را فراهم می سازد. برای رسیدن به این هدف ابتدا توالیdna پلاستیدی توت فرنگی به منظور تعیین مکان ورود ژن )های( انتقالی مورد مطالعه قرار گرفت و با کمک نرم افزارهایprimer-blast و oligo analyzer طراحی آغازگرهای اختصاصی از ناحیه مورد نظر انجام پذیرفت. بعد از استخراج ژنوم کل از گیاه توت فرنگی، تکثیر قطعه مورد هدف با کمک آغازگرهای اختصاصی طی واکنش زنجیره ای پلی مراز انجام گردید، صحت واکنش از نظر طول قطعه توسط الکتروفورز بررسی شد. بعد از تخلیص باند از ژل آگارز و تعیین مقدار غلظت قطعه dna، مراحل همسانه سازی t/a انجام پذیرفت و عملیات تراریختی باکتریایی به طریق شوک حرارتی دنبال شد. نتیجه تراریختی باکتریایی که به صورت کلنی های سفید در محیط نیمه جامد در حضور آنتی بیوتیک، iptg و x-galدیده می شود از طریق کلنی pcr بررسی گردید. از کلنی های pcr مثبت کشت مایع شبانه باکتریایی انجام و اقدام به استخراج پلاسمید شد. پلاسمید جداسازی شده پس از تایید آنزیمی طول قطعه همسانه سازی شده و مکان های برشی تعبیه شده در آن، جهت توالی یابی به شرکت bioneer ارسال گردید و نتایج حاصل از طریق نرم افزارهای بیوانفورماتیکی مورد بررسی قرار گرفت. میزان تشابه نتایج توالی یابی شده با توالی مرجع100% و 99% و تغییرات نوکلئوتیدی در نواحی همسانه سازی شده مربوط به تغییرات جایگزینی بود.