توالی یابی ژنوم با استفاده از روش های جدید ساخت گراف رشته
چکیده
در این پژوهش قصد داریم شیوه های مختلف و راهکارهای گوناگون ساخت گراف های رشته را مورد مطالعه و بررسی قرار دهیم. گراف های رشته در حقیقت خود یک شکل بهینه شده از گراف های همپوشان هستند. گراف های رشته و همپوشان توسط رشته هایی موسوم به خوانش موجود در ژنوم موجود زنده، توالی ژنوم را تعیین می کنند. در این زمینه به دلیل حجم داده ای بالا و لزوم ذخیره سازی سریع آنها، روش های متفاوتی با زمان های اجرای مختلف به منظور تعیین توالی ارائه می شود. به منظور تعیین توالی ژنوم دو مرحله ی اساسی پیش رو داریم: ابتدا می بایستی گراف مورد نظر حاصل از رشته های خوانش را ساخته و سپس توالی مورد نظر را برای پیدا کردن ژنوم محاسبه کنیم.