بهینه سازی ساختار نانو بادی های به دست آمده از کتابخانه فاژی علیه دمین ntr-dr۵ از طریق داکینگ

شیرین جلیلی، shirin jalili 1- ph.d. candidate, department of biochemistry, faculty of biological sciences, tarbiat modares university, tehran, iran1- دانشجوی دکتری بیوشیمی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران سیدشهریار عرب، shahriar arab 3- assistant professor, department of biophysics, faculty of biological sciences, tarbiat modares university, tehran, iran3- استادیار، گروه بیوفیزیک، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران صادق حسن نیا، 3دانشیار، گروه بیوشیمی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران سمیرا پولکچی صابر، samira poulakchi saber 4- ph.d. candidate, department of biophysics, faculty of biological sciences, tarbiat modares university, tehran, iran4- دانشجوی دکتری بیوفیزیک، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران عمار محسنی، ammar mohseni 5- ph.d. candidate, department of biochemistry, faculty of biological sciences, tarbiat modares university, tehran, iran5- دانشجوی دکتری بیوشیمی، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران

چکیده

مقدمه: آنتی بادی ها نقش مهمی در ایمونوتراپی، پژوهش های بنیادی و فرآیندهای صنعتی بازی می کنند. مطالعه میان کنش بین کمپلکس های آنتی بادی-آنتی ژن از اهمیت خاصی برای درک عملکرد آن ها برخوردار است. از این اطلاعات می توان در جهت بهینه سازی آنتی بادی های موجود و طراحی منطقی آنتی بادی های جدید، به منظور درمان و کاربردهای بیوتکنولوژی همچون حسگرهای زیستی بهره برد. امروزه مهندسی آنتی بادی به طور گسترده ای در زمینه های مختلف ازجمله پزشکی، علوم جنایی، نظامی و صنایع دفاعی کاربرد دارد. طراحی چنین آنتی بادی هایی کار چالش برانگیزی است. داکینگ روش محاسباتی است که می تواند کنفورماسیون یک ساختار کمپلکس (به طور مثال آنتی بادی-آنتی ژن) را از اجزای آن پیش بینی می کند. اعتبار سنجی آنتی بادی طراحی شده توسط ابزار داکینگ انجام می شود. مواد و روش ها: در این تحقیق، از نانو بادی های مستعد علیه گیرنده مرگ 5 (dr5) که قبلاً از طریق تکنیک نمایش فاژی انتخاب شده بودند برای مدل سازی، داکینگ و طراحی جهش ها استفاده شد. برای طراحی و اعتبار سنجی vhh هایی که نسبت به dr5 تمایل اتصالی بهتری داشته باشند، بر پایه نتایج آزمایشگاهی، از پیش بینی ساختار کمپلکس vhh-dr5 توسط داکینگ استفاده شد. یافته ها: با آنالیز مدل های به دست آمده، چندین نانو بادی جهش یافته طراحی شد که به شیوه ای قابل پیش بینی ویژگی هایشان، مخصوصاً قابلیت اتصالشان به dr5، بهبودیافته بود. نتیجه گیری: این نانو بادی های طراحی شده با توجه به جایگاه اتصالشان روی dr5 می توانند کاندیداهای مناسبی برای راه اندازی آپوپتوز در سلول های سرطانی متفاوت باشند.