همسانه سازی و مطالعه ویژگی های بیوانفورماتیکی ژن عامل آنزیم تروپینون ردوکتاز ۲ (tr ii)از گیاه بنگدانه (hyoscyamus niger)
چکیده
هدف:هدف از این پژوهش استخراج و همسانه سازی ژن تروپینون ردوکتاز 2 (tr-ii) در جهت آنتی سنس در ناقل دوتایی pbi121 جهت تهیه گیاهان تراریخت با توانایی کاهش آنزیم tr-ii و تولید بیشتر آلکالوئیدهای هیوسیامین و اسکوپولامین در پروژه های آینده بود. مواد و روش ها: rna کل از ریشه های کشت شده گیاه بنگدانه بومی ایران استخراج و ژن هدف پس از ساخت cdnaو همسانه سازی در جهت آنتی سنس در ناقل دوتایی pbi121، به اگروباکتریوم تومیفسینس سویه gv3101 منتقل شد. درستی همسانه سازی به سه روش هضم آنزیمی، pcr و توالی یابی نوکلئوتیدی مطالعه گردید. سپس خصوصیات بیوانفورماتیکی ژن مورد بررسی قرار گرفت. نتایج: واکنش pcr، هضم آنزیمی و توالی یابی نوکلئوتیدی درستی همسانه سازی ژن هدف را با سودمندی بالا تایید کرد. توالی نوکلئوتیدی نشان داد که ژن هدف بطول bp 783 بوده و باستثنای یک نوکلئوتید، مشابه با نمونه ثبت شده در بانک جهانی nbci است و یک پروتئین با 260 اسیدآمینه را رمز می کند. وزن مولکولی و نقطه ایزوالکتریک پیش بینی شده پروتئین به ترتیب برابر 4/28437 دالتون و 46/5 بود. بررسی ساختارهای دو بعدی و سه بعدی نشان داد که پروتئین کاملا مشابه با آنچه که قبلا در پایگاه pdb ثبت شده بود، نبود. هم چنین، نتایج بررسی های فیلوژنتیکی نشان داد که این ژن به گروه i تروپینون ردوکتازها تعلق دارد. نتیجه گیری: با توجه به همسانه سازی موفقیت آمیز و مشابهت بالای توالی نوکلئوتیدی و پپتیدی ژنtr-iiبا نمونه های ثبت شده جهانی، انتظار میرود مراحل بیان ژن در نیل به هدف اصلی نیز با موفقیت همراه باشد.