طراحی روش واکنش زنجیره ای پلیمراز کمی نسبی برای بررسی بیان ژن cd۴۰ در سلول های دندریتیک پس از مهار با آنتی سنس

mohammad hossein karimi، department of immunology, school of medical sciences, tarbiat modares university, tehran, iran zahra soheila soheili، department of biochemistry, national center genetic engineering and biotechnology, tehran, iran ali akbar pourfathollah، department of immunology, school of medical sciences, tarbiat modares university, tehran, iran shahram samiei، iranian blood transfusion research center, tehran, iran seyed mohammad moazzeni، department of immunology, school of medical sciences, tarbiat modares university, tehran, iran zahra ataee، iranian blood transfusion research center, tehran, iran bita geramizadeh

Abstract(in Persian; no English abstract is available)

هدف: سلول های دندریتیک در تنظیم وکنترل پاسخ های ایمنی نقش مهمی به عهده دارند. امروزه نظر بر این است که از این سلول ها در درمان بسیاری از بیماری ها می توان استفاده کرد. یکی از راه های ایمونوتراپی ایجاد سلول های دندریتیک تولروژن از طریق ممانعت از بیان مولکول های کمک تحریکی است.cd40 یکی از مولکول های کمک تحریکی بوده که با ممانعت از بیان آن از طریق روش هایی مانند آنتی سنس یا sirna می توان به این مهم (سلول های دندریتیک تولروژن) دست پیدا کرد. با تولید سلول های دندریتیکی تولروژن می توان افقی روشن در درمان بسیاری از بیماری ها ایجاد نمود و با طراحی rt-pcr کمی برای اندازه گیری میزان بیان می توان راه را برای ایجاد این سلول ها هموار نمود. در این تحقیق با طراحی آنتی سنس با استفاده از نرم افزارهای مربوط و منتقل کردن آن به سلول های دندریتیکی با استفاده از ماده ”لیپوفکتامین 2000“ (invitrogen) به سلول دندریتیک تولروژن رسیده ایم. مواد و روش ها: در این مــطالعه سـلول های دندریتیک از طحال موش balb/c جـدا شد و مــیزان خلوص به وسـیله فـلوسیتومتری بر اساس نشانگر cd11cتعیین شد. رده سلولی b‏cl1 به عنوان گـروه کنترل، بیان کننده cd40 در مـحیط کـشت fcs 10% rpmi-1640+ کـشت داده شـدند. با اســتفاده نـرم افــزارهای بیوانفورمــاتیک beacon designer و mfold and blast آغــازگر برای ) gadphبه عـنوان کـنترل داخـلی) و cd 40 طراحی شد، کیت rneasy plus mini kit (qiagen) برای استخراج rna مورد استفاده قرار گرفت و با تعیین o.d280/260 و الکترفورز در آگارز مـیزان خلوص تعیین شد. در ادامه کار ابتدا pcr کیفی با استفاده از آنزیم fast hot start taq (roche) بهینه شد و سپس بعد از ساخت cdna با استفاده از کیت iq sybergreen (biorad)،rt-pcr کمی برای cd40 بهینه و در نهایت با استفاده از همین کیت منحنی استاندارد پس از تهیه رقت های مناسب از rna برای cd40 و کنترل داخلی محاسبه شد. پس از طراحی آنتی سنس با استفاده از نرم افزار های بیوانفورماتیک با استفاده از ماده ”لیپوفکتامین 2000“ انتقال، انجام و با استفاده از rt-pcr کمی میزان کاهش بیان ژن مشخص شد. نتایج: دمای بهینه اتصال با استفاده ازشیب real time pcr و بهترین ct و rn∆ در 5/95 درجه سانتی گراد برای هر دو ژن cd40 و gadph تعیین و همچنین دمای ذوب pcr حدود 84 درجه سانتی گراد مشخص شد. شیب و بازدهی واکنش pcr برای ژن های cd40 و gadph با روش رقت سریال تعیین شد. با استفاده از غلظت نابرابر آغازگرها بازدهی و شیب برابری این دو ژن با دمای اتصال یکسان تعیین شد. (بازده cd40: 5/96، شیب: 408/3- ؛ بازده gadph: 1/94، شیب: 471/3-) میزان کاهش بیان ژن پس از انتقال با آنتی سنس 64/1در سلول های دندریتیکی و در رده سلولی bcl132/1 تعیین شد. ماده منتقل شده تأثیری روی بیان ژن ندارد. بهترین زمان برای اندازه گیری کاهش بیان ژن cd40 48 ساعت پس از انتقال در سلول های دندریتیکی و رده سلولی bcl1 است. نتیجه گیری: در مطالعات مختلف از روش های متفاوتی مانند rt-pcr نیمه کمی rt-pcr کمی مطلق و rt-pcr کمی نسبی برای تعیین میزان بیان ژن های مختلف ازجمله cd40 استفاده شده است. بررسی ها در این تحقیق نشان داد که استفاده از کیت iq–sybergreen (biorad) و الیگومر دی اکسی تیمیدین برای سنتز cdna برای رسم منحنی استاندارد ژن cd40 بسیار مناسب است (در این مورد gadph کنترل داخلی مناسبی است) که در مقایسه با rt-pcr نیمه کمی دقیق تر و قابل اعتمادتر است.