مدلهای qsar/ qspr برای پیش بینی خصوصیت شیمیایی بیوساید ها و فعالیت برخی ترکیبات مهارکننده
چکیده
امروزه طراحی مولکول های هوشمند و پیش بینی به کمک کامپیوتر سهم بزرگی در تحقیقات فعال کننده ها یا مهارکننده های پروتئینی دارد. مدل های مولکولی به عنوان یک تکنیک کلیدی درفرایند کشف دارو استفاده می شود. مدل های مولکولی یک نقطه شروع برای شبیه سازی های مولکولی در شرایط متفاوت و برای محاسبات ویژگی های مولکولی با استفاده از مکانیک مولکولی است. هدف روش های qsar ساختن مدل های پیش بینی کننده کمی برای کشف مولکول های جدید است. در qsar در باره ارتباط بین فعالیت و ساختار تئوری از پیش تعیین شده ای وجود ندارد به همین دلیل مدل های qsar، مدل های تجربی هستند که راحل های تقریبی ارائه می دهند. در فصل سوم مدل های qspr جدید برای پیش بینی زمان بازداری یک مجموعه از مایکوتوکسین ها ارائه گردید.مدل های رگرسیون mlr و svm با هم مقایسه شد نتایج بدست آمده از ارتباط بین زمان بازداری و توصیف کننده های الکترونی و ترمودینامیکی نشان می دهد که قدرت پیشگویی مدل svm بهتر از mlr است. روش های 3d-qsar آنالیز ارتباط کمی بین فعالیت بیولوژیکی یک مجموعه از ترکیبات و ویژگی های سه بعدی آنها را در بر می گیرد. comfa یک روش3d-qsar است که از تکنیک های آماری برای آنالیز ارتباط کمی بین فعالیت بیولوژیکی یک مجموعه ترکیبات با همترازی ویژه،و ویژگی های سه بعدی الکترونی و فضایی استفاده می کند. در روش comsia توصیف کننده های فضایی، الکترونی، آبگریزی، دهنده گی و گیرنده-گی پیوند هیدروژنی را محاسبه می کند. هدف از مطالعه فصل چهارم به کار گیری روش های 3d-qsar و docking برای ارائه ارتباط فعالیت-ساختار یک مجموعه از مشتقات 2-پیریمیدین کربونیتریل به عنوان بازدارنده های فالسیپین است. قدرت پیش بینی خوب مدل های comfa و comsia مشاهده شده برای مجموعه تست نشان می دهد که این مدل ها می تواند بطور موفقیت آمیزی برای پیش بینی مقادیر pic50 به کار گرفته شود. روش های مبتنی بر همترازی قدرتمند هستند اما به وسیله مسائل ذاتی روش های همترازی محدود می شوند. به هر حال کیفیت مد ل ها قویا به کیفیت روش های همترازی وابسته است. در فصل پنجم، ما نرم افزار open3dalign را با هدف تولید صورت بندی و همترازی مولکول های سخت ارائه دادیم. روش شبه 4d-qsar از توصیف کننده های 3d استفاده می کند، برای هر ترکیب با روش جستجوی تصادفی صورت بندی ها را تولید می کند، و از صورت بندی ها برای همترازی و تولید مدل استفاده می کند. در فصل ششم روش ترکیبی همترازی ( فارماکوفور و اتم محور) برای صورت بندی های چندتایی ترکیبات الگو ها یک دسته از اکسیدازول -2- اکسید به عنوان بازدارنده های تیروکسین گلوتاتیون ردوکتاز با نرم افزار open3dalign استفاده شد. یک مدل روش شبه 4d-qsar با پیش بینی بالا گزارش شد. همچنین یک مکانیسم قابل قبول برای مرحله اول واکنش s-نیتروزیل شدن، 4-فنیل-3-فورکسان کربونیتریل بوسیله محاسبات qm/mm برای اولین بار ارائه شد. نتایج بدست آمده با داده های تجربی در دسترس سازگاری دارد و دیدگاه و بینش جدیدی برای جزئیات مکانیسم این واکنش مهم ارائه شد.