پیش بینی فانکشن پروتئین بر اساس داده های توالی
چکیده
در سال های اخیر پیشرفت های زیادی در شناسایی و تعیین توالی ژن ها و پروتئین ها صورت گرفته است که منجر به حجم زیادی از داده های بیولوژیکی در این زمینه شده است. برای بسیاری از توالی های شناخته شده به عنوان پروتئین، هنوز فانکشن مشخصی معرفی نشده است. روش های آزمایشگاهی تعیین فانکشن، بسیار هزینه بر و وقت گیر است. این موضوع یکی از مهم ترین چالش های بیولوژی مولکولی است. روش های فراوانی برای این کار تاکنون ارائه شده است که بر اساس اطلاعات توالی یا ساختار پروتئین، برای توالی های آمینواسیدی جدید پیش بینی فانکشن را انجام می دهند. در این تحقیق پیش بینی فانکشن پروتئین ها با استفاده از محتوای آمینواسیدی آن ها انجام شده است. در مورد پنج آنزیم زنجیره ی انتقال الکترون شامل atp synthase، nadh dehydrogenase، cytochrome c oxidase، cytochrome c reductase و succinate dehydrogenase بازه های محتوای آمینواسیدی تعیین شد. پس از تعیین مقدار بهینه تعداد تطبیق آمینواسیدها، با مقابله ی محتوای آمینواسیدی یک پروتئین مورد جستجو با بازه های تعیین شده، در صورت تطبیق کافی، می توان فانکشنی را جهت آن پروتئین خاص پیش بینی کرد. نتایج نشان می دهد که این روش به جز در مورد آنزیم cytochrome c oxidase، از دقت و حساسیت خوبی برخوردار است. همچنین در مقایسه با روشهای دیگری که در آنها از اطلاعات ساختاری برای پیش بینی استفاده می شود، دقت مناسبی دارد.این روش مختص به فانکشن های آنزیمی نیست و می تواند به هر گروه فانکشنال اعمال شود و توالی هایی که با این گروه تطابق دارند تعیین شوند.