بررسی مارکرهای چندشکلی پایانه ?5 ناحیه ی ژنی oca1
چکیده
بیماری زالی چشمی- پوستی (oca،oculocutaneous albinism)، گروهی از بیماری های اتوزومی مغلوب است که منجر به کمبود یا فقدان تولید ملانین در ملانوسیت ها می شود. طیف بالینی oca متنوع است که شامل oca1a با شدیدترین نوع و فقدان کامل تولید ملانین در طول عمر فرد و اشکال ملایم تر آن شامل oca1b، oca2، oca3 و oca4 می شود. زالی چشمی –پوستی نوع1 (oca1) یک بیماری اوتوزومی مغلوب است که در اثر جهش در ژن تیروزیناز(tyr) بوجود می آید و میزان شیوع آن در جمعیت بطور متوسط هر یک نفر در 40 هزار نفر است. بطور معمول برای شناسایی و یا بررسی جهش ها از تعیین توالی مستقیم اگزون ها استفاده می شود که هم پرهزینه و هم وقت گیر می باشد. به همین دلیل روش های بررسی غیر مستقیم جهش ها از طریق آنالیز پیوستگی مارکرهای چند شکلی تک نوکلئوتیدی (snps) برای تعیین افراد ناقل و همچنین تشخیص پیش از تولد می توانند جایگزین مناسبی باشند. در این مطالعه بعد از بررسی های بیوانفورماتیک، مارکرهای rs5021654و rs1799989 واقع در ناحیه پروموتر ژن tyr انتخاب شدند و فراوانی آللی، درجه هتروزیگوسیتی، هاپلوتیپ های گویا و همچنین پیوستگی این دو مارکر مورد بررسی قرار گرفت. به منظور تعیین ژنوتیپ آلل های این دو مارکر تک نوکلئوتیدی، از روش tetra-primer arms pcr که از دو جفت پرایمر برای تکثیر هم زمان هر دو آلل بهره می برد، استفاده شد. پس از تعیین ژنوتیپ دو مارکر در 150 فرد سالم غیر خویشاوند و 10 خانواده 3 نفری، اطلاعات حاصل توسط نرم افزارهای کامپیوتریgenepop ، arlequin، fbat و powermarker و پایگاه داده های hapmap و human genome browser مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. نتایج حاصل، پیوستگی دو مارکر را با هم نشان داد که در مجموع 2 هاپلوتیپ گویا c-g) و (a-g بدست آمد. هر دو مارکر در تعادل هاردی وینبرگ قرار داشتند. مارکر rs1799989 با نشان دادن درجه هتروزیگوسیتی بالا (76%) در این مطالعه می تواند بعنوان یک مارکر آگاهی دهنده برای بررسی غیر مستقیم جهش ها استفاده شود. مارکر rs5021654 علی رغم داشتن درجه هتروزیگوسیتی پایین تر از میانگین در دنیا (8%)، به دلیل پیوستگی با مارکر rs1799989 می تواند در مطالعات پیوستگی و بررسی بلوک های هاپلوتیپی استفاده شود. بنابراین مارکرهای مورد مطالعه می توانند در تشخیص غیرمستقیم بیماری زالی نوع 1 مناسب باشند. همچنین هاپلوتیپ های a-g و c-g به دلیل فراوانی بالا به عنوان هاپلوتیپ های گویا در جمعیت ایران معرفی شدند که می توانند در شناسایی افراد ناقل و تشخیص پیش از تولد بیماری oca1 استفاده شوند.