مطالعه بر هم کنش پروتئین سرم آلبومین انسانی با برخی از دارو ها با استفاده از روش های محاسباتی و نظری و مقایسه آنها با روشهای تجربی
چکیده
در میان پروتئین ها، پروتئین سرم آلبومین انسانی بیشتر از همه مورد مطالعه قرارگرفته و کاربردهای گسترده ای در بیوشیمی دارد. آلبومین سرم انسانی (hsa) فراوان ترین پروتئین موجود در پلاسما و حمل کننده ی بسیاری از داروها برای اهداف دارویی مختلف است. همچنین آلبومین حمل ونقل کننده هورمون ها، اسیدهای چرب و ترکیبات دیگر است، و فشار اسمزی را حفظ می کند. به دلیل خواصی که آلبومین در پیوند شدن با لیگاندها دارد به عنوان یک مخزن در حال گردش برای بسیاری از متابولیک ها به کار می رود. این اثر مخزن در دارودرمانی استفاده می شود. برهم کنش پروتئین ها با لیگاندهای مختلف نقشی اساسی در فرآیندهای زیستی دارند. مهم ترین کاربرد پیش بینی برهم کنش پروتئین-لیگاند، طراحی داروهای جدید برمبنای ساختار است. روش های آزمایشگاهی مطالعه ی این برهم کنش ها، روش های بیوفیزیکی همچون کالریمتری، اسپکتروسکوپی و ساختاری است. بهبود قدرت کامپیوترها این امکان را فراهم کرده است که برهم کنش پروتئین-لیگاند با استفاده از کامپیوتر نیز موردمطالعه قرار گیرد. درنتیجه ی استفاده از روش های کامپیوتری، می توان پیش از انجام آزمایش تجربی، برهم کنش ترکیبات شیمیایی (داروها (را با پروتئین جستجو نمود و پس از انتخاب ترکیباتی که با احتمال بیشتری به هدف متصل می شوند، آن ها را در آزمایشگاه و یا در دستگاه های زنده موردبررسی قرارداد. پارامترهای ترمودینامیکی در برهم کنش سرم آلبومین انسانی با داروهای زونیسامید، کاپتوپریل، ایمیداکلوپرید، استول و... با استفاده از نرم افزارهای شبیه سازی و داکینگ مولکولی به دست آمد. پیش بینی جایگاه های اتصال توسط روش داکینگ، با بهره گیری از انرژی آزاد صورت گرفت. با مقایسه نتایج شبیه سازی با نتایج آزمایشگاهی، نتایج مطلوبی به دست آمد. با بررسی این نتایج پارامترهایی مانند انرژی اتصال، ثابت بازدارندگی و دیگر پارامترهای پیوندی به دست آمد؛ که انرژی اتصال معادل انرژی آزاد و ثابت بازدارندگی معادل ثابت تفکیک است.