بررسی تنوع ژنتیکی جدایه های pythium aphanidermatum عامل مرگ گیاهچه و پوسیدگی پی تیومی ریشه چغندرقند با استفاده از نشانگرهای issr وrep-pcr
چکیده
بیماری پوسیدگی ریشه و طوقه چغندرقند ناشی از قارچ pythium aphanidermatum، یکی از مهمترین بیماری های چغندرقند می باشد. به منظور بررسی تنوع ژنتیکی عامل این بیماری، از مزارع چغندرکاری استان های آذربایجان غربی، خراسان، فارس، تهران، کرمانشاه، لرستان، مرکزی و همدان نمونه برداری شد. جدایه های بدست آمده از نمونه های خاک و ریشه های چغندرقند دارای علائم پوسیدگی، پس از خالص سازی بر اساس خصوصیات ریخت شناسی اندام های رویشی و زایشی شناسایی شدند. جهت تایید شناسایی ریخت شناسی، قطعه ای از ژنوم این جدایه ها توسط نشانگر اختصاصی 28s rdna تکثیر شدند. از 55 جدایه بدست آمده، 19 جدایه p. aphanidermatum بر اساس پراکنش جغرافیایی انتخاب و برای بررسی بیماریزایی و تنوع ژنتیکی مطالعه شدند. مطالعات بیماریزایی جدایه ها در شرایط آزمایشگاهی بر روی ریشه های سالم چغندرقند بررسی شد. طی این مطالعات، 19 جدایه در 4 گروه با ویرولانس مختلف قرار گرفتند. همچنین سرعت رشد جدایه ها نیز در دو دمای 26 و 29 درجه سیلسیوس، اندازه گیری شد که بر اساس آن جدایه ها به دو گروه تند رشد(58% جدایه ها) و کند رشد(42% جدایه ها) تقسیم شدند. تنوع ژنتیکی کلیه جدایه ها، با استفاده از نشانگرهای مولکولی issr و rep-pcr بررسی شد. از میان 18 آغازگر مورد استفاده برای نشانگر مولکولی issr، باندهای حاصل از هشت آغازگر مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند. همچنین وزن مولکولی باندهای تکثیر شده توشط یک جفت آغازگر eric و یک آغازگر box مورد مطالعه قرار گرفت. تجزیه و تحلیل خوشه ای داده ها با استفاده از ضریب تشابه jacard و روش upgma ، توسط نرم افزار mvsp برای کلیه آغازگرها انجام شد. در تجزیه و تحلیل داده های حاصل از تلفیق دو نشانگر issr و rep-pcr، در سطح تشابه 64 درصد، جدایه ها به چهار گروه تقسیم شدند. نتایج حاصل از تجزیه و تحلیل مولکولی نشان داد که جدایه های متعلق به یک ناحیه جغرافیایی، لزوماً دارای قرابت ژنتیکی نبوده و ارتباط معنی داری با ویرولانس و سرعت رشد جدایه ها ندارد. این پژوهش اولین مطالعه تنوع ژنتیکی جدایه های عامل این بیماری توسط نشانگرهای issr و rep-pcr در ایران می باشد.