بررسی مارکرهای ژنی در پایانه ی ´5 ناحیه ی ژنی ugt1a1
چکیده
سندرم کریگلر- نجار نوع 1، یک بیماری نادر اتوزومی مغلوب با شیوع 1 در یک میلیون نوزاد می باشد و با افزایش بیلی روبین غیر کنژوگه و غیر همولیتیک شناخته می شود. این سندرم طی دوره ی نوزادی با زردی زودرس و شدید آشکار می گردد. بیماری در اثر جهش در ژنugt1a1 که باعث فقدان تقریباً کامل فعالیت آنزیم ugt1a1 و در نتیجه عدم ترکیب بیلی روبین با گلوکورونیک اسید می گردد، ایجاد می شود. لوکوس ugt1a1 بر روی کروموزوم 2q37 و در انتهای ´3 کلاستر ژنی ugt1a واقع شده است. اصولا" تشخیص مولکولی این بیماری با استفاده از روش مستقیم و بررسی جهش های مسبب بیماری انجام می شود. اما به دلیل هتروژنی ژنتیکی این سندرم و وجود هتروزیگوت های مرکب، تشخیص مستقیم با هزینه زیاد همراه بوده و بسیار وقت گیر است. به همین دلیل تشخیص مولکولی بیماری با بررسی غیرمستقیم جهش ها با استفاده از آنالیز پیوستگی توسط مارکرهای چند شکلی متصل به ژن به عنوان روش جایگزین در خانواده های دارای یک فرد مبتلا معرفی می شود. مارکر های چند شکلی متعددی در ناحیه ی ژنی ugt1a1 گزارش شده اند. با بررسی بیوانفرماتیک مارکرهای مزبور، دو چندشکلی تک نوکلئوتیدی (snp) شامل rs4148326 و rs4124874، واقع در ناحیه ی ?5 این ژن جهت مطالعه در جمعیت ایرانی انتخاب شدند. در مطالعه ی حاضر آنالیز این دو مارکر با تعیین ژنوتیپ آن ها در نمونه ای از افراد سالم جمعیت ایرانی شامل 212 فرد غیر خویشاوند و 39 فرد خویشاوند با استفاده از تکنیک tetra-primer arms pcr صورت گرفت. پرایمرهای مورد استفاده در این تکنیک نیز توسط نرم افزارهای primer1 و oligo طراحی شدند. فراوانی آللی و درجه ی هتروزیگوسیتی برای افراد غیرخویشاوند با برنامه ی genepop تخمین زده شد. محاسبه ی فراوانی هاپلوتیپی در افراد غیرخویشاوند با استفاده از نرم افزار arlequin و در خانواده ها با استفاده از نرم افزار fbat صورت گرفت. محاسبه ی عدم تعادل پیوستگی نیز در افراد غیرخویشاوند با نرم افزار powermarker انجام شد. طی آنالیز آماری نتایج، فراوانی آللی مارکر rs4148326 در جمعیت ایرانی برای آلل های t و c به ترتیب 04/66 و96/33 درصد مشاهده شد. طی مطالعه ی مارکر rs4124874 نیز فراوانی آللی آلل های g و t به ترتیب 6/60 و 4/39 درصد بود. هتروزیگوسیتی محاسبه شده برای این دو مارکر نیز %1/64 برای مارکر rs4148326 و %1/72 برای rs4124874 بود. در مجموع چهار هاپلوتیپ متفاوت شامل هاپلوتیپ های t-c، t-t، c-g و t-g مشاهده شد. از این میان سه هاپلوتیپ آخر در هر دو آنالیز غیرخویشاوندی و خویشاوندی فراوانی بالای 5% نشان دادند و به عنوان هاپلوتیپ های گویا در جمعیت ایرانی معرفی می شوند. همچنین نتایج بیانگر وجود عدم تعادل پیوستگی در جفت مارکر rs4124874-rs4148326 می باشد که نشان دهنده ی این است که درصد زیادی از کروموزوم ها در جمعیت ایرانی برای دو جفت مارکر فوق هاپلوتیپ های رایج دارند. نتایج به دست آمده در این مطالعه دو مارکر rs4124874 و rs4148326 را در جمعیت ایرانی بعنوان مارکرهایی آگاهی دهنده در تشخیص های مولکولی سندرم کریگلر- نجار به روش آنالیز پیوستگی معرفی می نماید.