ارزیابی عملکرد روش های dali ,blast , h-tuple و smith-waterman در مقایسه توالی های زیستی با استفاده از منحنی $roc$
چکیده
مقایسه توالی های پروتئین ابزار مهمی است که می تواند باعث تشخیص عملکرد توالی ها و در نهایت منجر به طبقه بندی آنها گردد. این مقایسه ها می توانند از طریق ساختار و یا از طریق توالی پروتئین ها انجام پذیرند. هم ترازی ساختاری، ابزار با ارزشی برای مقایسه پروتئین هایی با عملکرد مشابه است که از لحاظ توالی شباهت کمتری دارند و عملکرد آنها به آسانی به وسیله تکنیک های استاندارد هم ترازی توالی کشف نمی شود. روش dali یا هم ترازی ماتریس های فاصله، روشی برای مقایسه ساختاری پروتئین و جستجوی پایگاه داده می باشد. مقایسه توالی های زیستی و پیدا کردن میزان شباهت بین آنها، یکی از موضوعات مهم در علم بیوانفورماتیک است. سه روش زیر ساختارهای اولیه توالی ها را مقایسه و میزان شباهت آنها را بیان می کنند. روش h-tuple، روش ابتکاری است که میزان شباهت دو توالی زیستی را تقریب می زند. الگوریتم smith-waterman شباهت بین دو توالی را یافته و امتیاز بهینه دقیق را محاسبه می کند. blast نرم افزاری است که بر اساس یک الگوریتم ابتکاری و برنامه ریزی پویا، توالی های زیستی را مقایسه و تقریبی از میزان شباهت را مشخص می کند. در نهایت، نمودار مشخصه عملکرد سیستم roc)) با توجه به عملکرد درست و اشتباه روش های مقایسه، عملکرد آنها را بررسی می کند. در این پایان نامه روش های فوق را بر روی تعدادی توالی اجرا کرده و عملکرد آنها را با استفاده از roc مقایسه می کنیم. نتایج نشان می دهند که برای توالی های کوتاه الگوریتم smith-waterman و برای توالی های بلند روش dali کاراتر است.